La historia (Capítulo 1 y 2) continúa con nuestrro grupo de planeswalkers que se dirige a Dross Pits, una esfera verde con podredumbre y descomposición, donde los pirexianos luchan entre sí hasta la muerte bajo la atenta mirada de Sheoldred.
A su llegada, Elspeth distribuye pequeños viales de halo a cada planeswalker. Después de consumir su porción, Jace se derrumba en el suelo con un dolor debilitante, ya que la claridad mental proporcionada por el halo ha renovado su conexión telepática con Vraska. Después de recuperar la compostura, Jace informa al grupo que Vraska tiene un dolor terrible y sale corriendo para salvarla.
A pesar de los intentos de hacerlo cambiar de opinión, el grupo se da cuenta de que Jace no será detenido y, dado que tiene el Sylex, debe seguirlo hasta los pozos para salvar a Vraska. El grupo se abre paso rápidamente a través de la esfera, escondido de los pirexianos en guerra por la magia de ilusión de Jace, pero al encontrar a Vraska, la Gorgona ha sido golpeada, ensangrentada e infectada por las fuerzas de Phyrexia. Después de matar a los pirexianos que se acercaban, Jace corre hacia Vraska, quien le informa que es demasiado tarde para salvarla. Cegado por el amor y el dolor, Jace se niega a dejar su lado y le entrega el Sylex a Kaya mientras el grupo avanza sin él. En un intento por aliviar su dolor, Jace le muestra a Vraska una ilusión elaborada de Rávnica, pero ni siquiera la magia de Jace pudo evitar lo inevitable, ya que Vraska, ahora completa, apuñala a Jace y lo infecta. Al darse cuenta de su error y de la inevitabilidad de su condición, Jace se apresura a reunirse con los demás.
Después de dejar a Jace, el grupo se encuentra con una gran fuerza de pirexianos que una vez estuvieron en lucha pero que desde entonces han centrado su atención en el grupo de planeswalkers. Al darse cuenta de la futilidad de luchar contra el ejército, Nahiri reúne todas sus fuerzas restantes y rompe el piso de la esfera, colapsando a todos en la Basílica de Elesh Norn debajo. Después de recuperarse del colapso, el grupo se abre camino a través de la esfera, destinado a la imitación del Árbol del Mundo de los pirexianos. Al llegar al “árbol”, el grupo entra, solo para encontrar a Karn, “roto, dividido y esparcido por la plataforma”. Karn revela que la infección pirexiana ya ha comenzado a propagarse a través del Seedcore, pero si se dan prisa, aún pueden evitar la destrucción de algunos de los planos usando el Sylex para destruir el Árbol del Mundo falso. Incapaz de salvar a Karn, el grupo restante avanza hacia el árbol, hacia el núcleo, pero son interceptados por Ajani y Tibalt. Con conexiones personales con ambos, Elspeth y Tyvar optan por quedarse atrás para luchar contra ellos, mientras que Kaya, Kaito y lo que queda de Jace se dirigen al destino final.
El enfrentamiento entre los antiguos amigos termina con la victoria de Elspeth y Tyvar, y ambos se apresuran a unirse con los demás. A medida que Jace, Kaya y Kaito llegan al núcleo, la realidad de lo que la detonación del Sylex podría causarle al multiverso se vuelve más clara para Kaya y Kaito, y el dúo intenta evitar que Jace siga adelante con el plan. A pesar de trabajar juntos, las ilusiones de Jace mantienen a raya a los otros planeswalkers y él activa el Sylex.
Justo a tiempo, Elspeth cae desde arriba y logra atravesar a Jace con su espada y luchar contra el Sylex. Aprovechando el resto de sus poderes, Elspeth camina por los planos con el Sylex detonante en la mano.
Con Elspeth junto con el Sylex, el grupo reconoce su derrota. El multiverso puede estar a salvo de los efectos del Sylex, pero no de los pirexianos.
Antes de que nadie pueda descansar, los pasos resuenan desde el otro lado del puente: Elesh Norn, junto con su ejército y las versiones completas de Tamiyo, Nissa y Nahiri se acercan. Elesh Norn levanta la mano, chasqueando sus perfectas garras juntas, y comienza la invasión.
Phyrexia: All Will Be One está programado para lanzarse el 10 de Febrero.
